A tömegspektrométert általában kétféleképpen használják: Full Scan vagy szelektív ionfigyelés (SIM). A tipikus GC-MS önmagában is működhet mindkét módon, vagy mindkettővel egyszerre.
Teljes szkennelés MS
A teljes pásztázási üzemmódban történő adatgyűjtéskor a tömegdarabok céltartományát választja ki és helyezi be a műszer módszerébe. Egy példa a tömegfragmentek tipikusan széles tartományára, amelyet nyomon kell követni, az m/z 50 és m/z 400 között van. A használandó tartomány meghatározását nagyrészt az határozza meg, hogy mit várunk a mintában, miközben figyelembe vesszük az oldószert és más lehetséges interferenciákat. Ha az MS nagyon alacsony m/z tömegű fragmentumokat keres, akkor levegő vagy más lehetséges zavaró tényezők észlelésére is képes. Nagy letapogatási tartomány használata csökkenti a műszer érzékenységét. A készülék másodpercenként kevesebb letapogatást végez, mivel minden egyes letapogatás több időt vesz igénybe a tömegfragmentumok szélesebb tartományának kimutatásához.
A teljes letapogatás hasznos a mintában lévő ismeretlen vegyületek meghatározásához. Több információt nyújt, mint a SIM, amikor a mintában lévő vegyületek megerősítéséről vagy felbontásáról van szó. A legtöbb műszert számítógép vezérli, amely egy számítógépes programot működtet, amelyet "műszer-módszernek" neveznek. A műszer módszere szabályozza a GC hőmérsékletét, az MS letapogatási sebességet és a detektálandó fragmensméretek tartományát. Amikor egy kémikus műszeres módszert dolgoz ki, a kémikus a GS-MS-en teljes letapogatás üzemmódban küld át tesztoldatokat. Ez ellenőrzi a GC retenciós időt és a tömegfragmentum-ujjlenyomatot, mielőtt áttérne a SIM műszeres módszerre. A speciális GC-MS műszerekre, például a robbanóanyag-detektorokra gyárilag előre be van töltve egy műszer-módszer.
Kijelölt ionok megfigyelése
A szelektált ionfigyelés (SIM) során a műszeres módszer bizonyos ionfragmentumokra összpontosít. A tömegspektrométer csak ezeket a tömegfragmentumokat érzékeli. A SIM előnye, hogy a kimutatási határ alacsonyabb, mivel a műszer minden egyes letapogatás során csak kevés fragmentumot (pl. három fragmentumot) vizsgál. Másodpercenként több letapogatást lehet végezni. Mivel csak néhány érdekes tömegű fragmentumot figyelnek, a mátrixinterferenciák jellemzően kisebbek. A pozitív eredmény helyes leolvasásának esélyét javítja, ha a különböző tömegű fragmentumok ionarányai összehasonlíthatók egy ismert referenciastandarddal.
Az ionizáció típusai
Miután a molekulák végighaladnak az oszlop hosszán, áthaladnak az átvezető vonalon és belépnek a tömegspektrométerbe, különböző módszerekkel ionizálják őket. Jellemzően mindig csak egy ionizációs módszert használnak. Miután a minta fragmentálódott, ezután detektálásra kerül, általában egy elektronsokszorozó dióda segítségével. A dióda az ionizált tömegdarabot elektromos jelként kezeli, amelyet aztán detektál.
A vegyészek a Full Scan vagy a SIM-monitorozás választásától függetlenül választják ki az ionizációs technikát.
Elektron ionizáció
Az ionizáció leggyakoribb típusa az elektronionizáció (EI). A molekulák belépnek az MS-be (a forrás egy kvadrupol vagy maga az ioncsapda az ioncsapda MS-ben), ahol egy izzószálból kibocsátott szabad elektronok érik őket. Ez olyan, mint a hagyományos izzólámpában található izzószál. Az elektronok eltalálják a molekulákat, és a molekula jellegzetes módon fragmentálódik, ami megismételhető. Ez a "kemény ionizációs" technika azt eredményezi, hogy több alacsony tömeg-töltésarányú (m/z) fragmentum keletkezik. Az EI kevés olyan fragmentumot eredményez, amelyek tömege közel van az eredeti molekula tömegéhez, ha egyáltalán van ilyen. A kémikusok a kemény ionizációt úgy tekintik, hogy elektronokat lőnek a minta molekuláiba. Ezzel szemben a "lágy ionizálás" a mintamolekulára töltést helyez egy bevezetett gázzal való ütközéssel. A molekulák fragmentálódási mintázata a rendszerre alkalmazott elektronenergiától függ, ami általában 70 eV (elektronvolt). A 70 eV használata segít a vizsgálati mintából generált spektrumok összehasonlításában az ismert könyvtári spektrumokkal. (A könyvtári spektrumok származhatnak a gyártó által biztosított szoftverből vagy a Nemzeti Szabványügyi Intézet (NIST-USA) által kifejlesztett szoftverből). A szoftver a könyvtári spektrumokat egy olyan megfeleltetési algoritmus segítségével keresi, mint a valószínűségalapú megfeleltetés vagy a pont-produktum megfeleltetés. Ma már számos módszer-szabványosítási ügynökség ellenőrzi ezeket az algoritmusokat és módszereket, hogy biztosítsa azok objektivitását.
Kémiai ionizáció
A kémiai ionizáció (CI) során a tömegspektrométerbe egy reagensgázt, általában metánt vagy ammóniát juttatnak. A CI-nek két típusa van: pozitív CI vagy negatív CI. A reagensgáz mindkét esetben kölcsönhatásba lép az elektronokkal és az analitával, és az érdeklődésre számot tartó molekula "lágy" ionizációját okozza. A lágyabb ionizáció kisebb mértékben fragmentálja a molekulát, mint az EI kemény ionizációja. A kémikusok a CI-t részesítik előnyben az EI-vel szemben. Ennek oka, hogy a CI legalább egy olyan tömegű fragmentumot eredményez, amelynek tömege közel azonos az érdeklődésre számot tartó analit molekulatömegével.
Pozitív kémiai ionizáció
A pozitív kémiai ionizáció (PCI) során a reagensgáz kölcsönhatásba lép a célmolekulával, leggyakrabban protoncserével. Ezáltal az ionfajok viszonylag nagy mennyiségben keletkeznek.
Negatív kémiai ionizáció
A negatív kémiai ionizáció (NCI) során a reagensgáz csökkenti a szabad elektronok hatását a célelemre. Ez a csökkent energia jellemzően nagy mennyiségben hagyja meg a fragmentumot. (A fragmentumok nem bomlanak tovább.)
Tolmácsolás
A műszeres analízis elsődleges célja egy anyagmennyiség mérése. Ez úgy történik, hogy a generált tömegspektrumban az atomtömegek közötti relatív koncentrációkat összehasonlítjuk. Kétféle elemzés lehetséges, az összehasonlító és az eredeti elemzés. Az összehasonlító elemzés lényegében egy spektrumkönyvtárral hasonlítja össze az adott spektrumot, hogy megnézze, hogy annak jellemzői jelen vannak-e a könyvtárban található valamely ismert minta esetében. Ezt a legjobb számítógépen elvégezni, mivel a méretarányok változása miatt sok vizuális torzítás történhet. A számítógépek több adatot (például a GC által azonosított retenciós időket) is korrelálni tudnak, hogy bizonyos adatokat pontosabban tudjanak egymáshoz viszonyítani.
Egy másik elemzési módszer a csúcsokat egymáshoz viszonyítva méri. Ennél a módszernél a legmagasabb csúcsot 100%-ra állítjuk. A többi csúcs a csúcsmagasság és a legmagasabb csúcsmagasság arányának megfelelő értéket kap. Minden 3% feletti értéket hozzárendelünk. Az ismeretlen vegyület teljes tömegét általában az alapcsúcs jelzi. Ennek az alapcsúcsnak az értéke felhasználható egy olyan kémiai képlethez, amely tartalmazza a vegyületben feltételezhetően jelen lévő különböző elemeket. Az izotópmintázat a spektrumban a sok izotóppal rendelkező elemek esetében egyedi. Így a jelenlévő különböző elemek azonosítására is felhasználható. Ez megmondja az ismeretlen molekula általános kémiai képletét. Mivel a molekulák szerkezete és kötései jellegzetes módon bomlanak szét, a csúcstömegek különbségéből azonosíthatók. Az azonosított molekula szerkezetének összhangban kell lennie a GC-MS által rögzített jellemzőkkel. Ezt az azonosítást általában a műszerhez mellékelt számítógépes programok végzik el automatikusan. Ezek a programok összevetik a spektrumokat egy ismert vegyületekből álló könyvtárral, amely a mintában esetlegesen jelen lévő elemek azonos listáját tartalmazza.
A "teljes spektrum" elemzés a spektrumon belüli összes "csúcsot" figyelembe veszi. A szelektív ionmonitorozás (SIM) azonban csak egy adott anyaghoz kapcsolódó kiválasztott csúcsokat figyel meg. A kémikusok feltételezik, hogy egy adott retenciós időnél az ionok egy csoportja jellemző egy bizonyos vegyületre. A SIM gyors és hatékony elemzés. A SIM akkor működik a legjobban, ha az elemzőnek korábbi információi vannak a mintáról, vagy csak néhány konkrét anyagot keres. Ha egy adott gázkromatográfiás csúcsban lévő ionokról gyűjtött információ mennyisége csökken, az elemzés érzékenysége nő. Így a SIM-elemzés lehetővé teszi, hogy egy vegyületből kisebb mennyiséget lehessen kimutatni és mérni. Az adott vegyület azonosságának bizonyossága azonban csökken.
GC-tandem MS
Ha a tömegdarabolás második fázisát is hozzáadjuk, például egy második kvadrupol használatával egy kvadrupolos műszerben, akkor tandem MS-nek (MS/MS) nevezzük. Az MS/MS jól alkalmazható a célvegyületek alacsony szintjének mérésére egy olyan mintában, amelynek mátrixában olyan háttérvegyületek vannak, amelyek nem érdekesek.
Az első kvadrupol (Q1) egy ütközési cellával (q2) és egy másik kvadrupollal (Q3) van összekötve. Mindkét kvadrupol pásztázó vagy statikus üzemmódban használható, az alkalmazott MS/MS analízis típusától függően. Az analízis típusai közé tartozik a termékionok pásztázása, a prekurzorionok pásztázása, a szelektált reakciófigyelés (SRM) és a semleges veszteség pásztázása. Például: Ha a Q1 statikus üzemmódban van (csak egy tömeget vizsgál, mint a SIM-ben), és a Q3 pásztázó üzemmódban van, akkor egy úgynevezett termékion-spektrumot (más néven "leány-spektrumot") kapunk. Ebből a spektrumból ki lehet választani egy kiemelkedő termékiont, amely a kiválasztott prekurzorion termékionja lehet. Ezt a párt "átmenetnek" nevezzük, és ez képezi az SRM alapját. Az SRM rendkívül specifikus, és szinte teljesen kiküszöböli a mátrixháttért.