Lincoln elnöksége körülbelül négy évig tartott. Ez 1861. március 4-től addig tartott, amíg egy konföderációs szimpatizáns le nem lőtte, és 1865. április 15-én meg nem halt. Hivatali idejét szinte teljes egészében a polgárháború töltötte ki. A február 15-i választói kollégium általi megválasztásától a március 4-i beiktatásáig Lincolnnak kevés ideje volt arra, hogy összeállítsa kabinetjét.
Lincoln kabinetje
Lincoln kabinetje egyedülálló volt az amerikai történelemben. Ebben az 1860-as republikánus jelölésért folytatott versenyben az összes nagy riválisa benne volt. A jelölést megelőző politikai tárgyalások részeként egyeseknek ígéretet kaptak a kabinetbe való beosztásra. Ez nem volt harmonikus csoport, mivel a legtöbben nem kedvelték egymást. Különböző elképzeléseik voltak az ország kormányzásáról, eltérő erkölcsük és személyiségük. Különösen Simon Cameront kényszerítette Lincolnra a pennsylvaniai küldöttekkel a republikánus konvención kötött alku. Ő már akkor is inkompetens és korrupt hírében állt. A megállapodás értelmében ő lett Lincoln hadügyminisztere.
A tagok közé tartoztak:
- Hannibal Hamlin, Lincoln első alelnöke (1861-1865).
- Andrew Johnson, Lincoln második alelnöke (1865-1865) és az Egyesült Államok 17. elnöke.
- Salmon P. Chase, az Egyesült Államok pénzügyminisztere. 1864-ben a Legfelsőbb Bíróság főbírája lett.
- Simon Cameron, hadügyminiszter (1861-1862).
- Edwin Stanton, hadügyminiszter (1862-1865).
- William H. Seward, külügyminiszter (1861-1865).
- Gideon Welles, haditengerészeti miniszter (1861-1865).
- Montgomery Blair, postafőnök (1861-1864).
- Edward Bates, főügyész (1861-1864).
Belügyek
A Lincoln-kormányzatnak az volt a feladata, hogy átvezesse az országot a legsötétebb napokon. A problémákat elődjétől, James Buchanan elnöktől örökölte. Négy évvel korábbi saját beiktatási beszédében Buchan a rabszolgaság kérdését "szerencsére, de gyakorlati szempontból kevéssé fontos kérdésnek" nevezte. Buchanan arra az álláspontra helyezkedett, hogy nem volt hatalma semmit sem tenni a közelgő polgárháború ellen. Ezt mondta: "Egyetlen elnöknek sincs hatalmában, függetlenül attól, hogy milyen politikai hajlamai vannak, helyreállítani a békét és a harmóniát az államok között. Bölcsen korlátozva és visszafogva hatalmát alkotmányunk és törvényeink értelmében, ő egyedül csak keveset tehet jóra vagy rosszra egy ilyen jelentős kérdésben." A polgárháború közeledtével Buchanan elnöksége alatt az ország recesszióba süllyedt.
Ahelyett, hogy figyelmen kívül hagyta vagy elfogadta volna a helyzetet, Lincolnnak vagy meg kellett javítania a megtört nemzetet, vagy látnia kellett, hogy az szétszakad. Az elnökválasztás és a beiktatása között az elszakadt hét állam megalakította az Amerikai Konföderációs Államokat. Alkotmányuk az Egyesült Államok alkotmányának mintájára készült, négy eltéréssel. Támogatta az államok szuverenitását. Garantálta, hogy a rabszolgaság mindig is létezni fog a Konföderációs Államokban. Nem tette lehetővé, hogy a déli kongresszus védővámokat állapítson meg. A Konföderációs Államok elnöki megbízatását is 6 évre korlátozta. Jefferson Davist választották meg a CSA elnökévé. Mississippi rabszolgatartó volt, amerikai szenátor, és Franklin Pierce elnök alatt hadügyminiszter is volt. A CSA több, az Egyesült Államokétól eltérő filozófiai álláspontot képviselt. Feltételezte, hogy az Egyesült Államok csupán szuverén államok társulása, ahogyan az a Konföderációs Cikkelyek alatt is volt, mielőtt elfogadták volna az amerikai alkotmányt. Azt állították, hogy mint ilyen, minden állam szabadon kiléphet az államok szövetségéből. Észak az Uniót állandó országnak tekintette. Lincoln rámutatott, hogy minden egyes állam lemondott saját szuverenitásáról, amikor ratifikálta és elfogadta az Alkotmányt. Azzal is érvelt, hogy egyetlen államnak sincs joga fellázadni hazája, az Amerikai Egyesült Államok ellen. Lincoln azonban a CSA-ról a megalakulásától kezdve egészen a beiktatásáig hallgatott. Megismételte kampányígéretét, miszerint elnökként nem tesz lépéseket a rabszolgaság megszüntetésére vagy korlátozására azokban az államokban, ahol az már létezett. A Békebizottság javaslatait azonban nem fogadta el. Békés szándékait demonstrálva beiktatási beszédének célja az volt, hogy megakadályozza más déli államok csatlakozását a CSA-hoz. Nem voltak ellenségek. Nem támadta volna meg a CSA-t, de megtartotta és fenntartotta volna az Egyesült Államok kormányának minden olyan tulajdonát, amely a déli államokban létezett.
Egy nappal beiktatása után Lincoln kapott egy küldeményt Robert Anderson őrnagytól. Ő volt a Charleston kikötőjében lévő Sumter-erőd parancsnoka. Tájékoztatta Lincolnt, hogy ha az erődöt nem látják el hamarosan utánpótlással, neki és az embereinek el kell hagyniuk. Lincoln kitalálta, hogyan lehetne az erődöt harcok kirobbantása nélkül újratölteni. Fegyvertelen ellátóhajókat küldene a Sumter-erődbe. Szándékáról tájékoztatta Davis elnököt, a CSA elnökét. Így az Egyesült Államok nem kezdett volna harcokba, hanem megtartotta volna az erődöt, ahogy azt Lincoln megígérte. Davis azonnal elküldte P. G. T. Beauregard tábornokot, hogy kényszerítse ki az erőd megadását, mielőtt az ellátóhajók megérkeznének. 1861. április 12-én reggel fél ötkor a konföderációs ágyúk megkezdték a Sumter-erőd bombázását. Anderson őrnagy 33 óra elteltével megadta magát az erődnek. Ez volt a polgárháború kezdete.
A háború négy évig tartott. Észak nem számított arra, hogy Dél szinte az utolsó emberig harcolni fog a "szabadsága" védelmében. A déliek nem sejtették, hogy az északiak Lincoln vezetésével vasakaratot tanúsítanak majd az Unió mindenáron való megőrzése érdekében.
Külügyek
Lincoln egyik katonai stratégiája az volt, hogy blokád alá vonja a déli kikötőket és mintegy 3500 mérföldnyi (5600 km) partvonalat. A háború kezdetén, mivel csak néhány hajó állt rendelkezésre, ez szinte lehetetlen volt. A háború végére az Unió 1500 blokádhajót fogott el vagy semmisített meg. Mivel azonban 6 üzletből majdnem 5 képes volt kikerülni a blokádot, Nagy-Britannia azzal érvelt, hogy a nemzetközi jog nem ismeri el azt, mivel "papírblokádról" van szó. A Konföderáció a háború alatt fő pénztermésének, a gyapotnak csak kis részét tudta Angliába szállítani. Három évvel a háború előtt a Dél évente 10 millió bála gyapotot szállított. A háború alatt összesen csak 500 000 bálát szállítottak. Az angol gyárosok azonban nagy mennyiségű déli gyapotot halmoztak fel a háború előtti hatalmas exportból. A készletük a háború nagy részét végigkísérte.
1861-ben mind a Konföderáció, mind az Unió Nagy-Britannia segítségét kérte. Észak számított rájuk, mert elítélték a rabszolgaságot. A Konföderáció azért számított a segítségükre, mert a gyapotjuk nagy jelentőséggel bírt Nagy-Britannia gazdasága számára. Így mindkét félnek diplomáciai kapcsolatai voltak Nagy-Britanniával. A Délnek szüksége volt Nagy-Britannia segítségére a háború megnyeréséhez. Emellett Nagy-Britannia segítsége nélkül Franciaország sem mert volna beavatkozni, pedig már akkor is barátságban álltak a déliekkel. 1861. május 4-én Viktória királynő kiáltványt adott ki, amelyben kijelentette Nagy-Britannia semlegességét a háborúban, és elismerte a Konföderációt a konfliktusban hadviselő félként. Ez feldühítette Lincolnt. Seward, a külügyminisztere már utasítást adott az új brit miniszterének, hogy lépjen le és jöjjön haza, ha a királynő elismeri a Konföderációt. Franciaország hasonló nyilatkozattal követte, amely szintén elismerte a CSA-t mint nemzetet. Seward mindkét nemzetet figyelmeztette az Egyesült Államokkal való háború lehetőségére ebben a kérdésben.
Lord Palmerston brit miniszterelnök hadihajókból álló flottát küldött az Atlanti-óceán nyugati részére, hogy felkészüljön a New York City elleni meglepetésszerű támadásra. A világ legnagyobb hajóját, az SS Great Eastern-t csapatszállítónak szánták. Úgy látták, hogy egy New York elleni csapás az Egyesült Államok kereskedelmi központja elleni csapást jelentene. De 1862 tavaszán a britek tudomást szereztek az Unió vasalt hadihajójáról, a USS Monitorról. Ez minden inváziós tervet törölt. Bár a brit haditengerészetnek voltak vasrakétás hadihajói, a hajózáshoz mély vízre volt szükségük. A Monitor és a hozzá hasonló északi hajók elpusztíthatnák a brit hajókat, ha azok megpróbálnák blokád alá venni az északi kikötőket. Oroszország attól is tartott, hogy a britek és/vagy a franciák esetleg közbelépnek. 1862 nyarán egy nemzetekből álló koalíció fontolgatta, hogy közbelép a háborúban. Ezek között volt Nagy-Britannia, Franciaország, Poroszország, Ausztria és Oroszország. De 1863 őszén II. Sándor orosz cár elküldte haditengerészetét, hogy megvédje az Egyesült Államokat Nagy-Britannia és Franciaország esetleges inváziójától. Balti flottájuk 1863. szeptember 24-én kezdett megérkezni New York kikötőjébe. Az orosz távol-keleti flottát San Franciscóba küldték.
A háború hátralévő részében a legtöbb európai országnak nem sok haszna volt abból, hogy a Konföderációt szuverén nemzetként ismerte el. Lincoln diplomatikusan kezelte a Trent brit hajón letartóztatott két konföderációs katonát. Mindkettőjüket szabadon engedte. Az európai terméskiesések népszerűvé tették az Unió mezőgazdasági termékeit. Egyiptom és India képes volt szállítani azt a gyapotot, amelyet korábban, a háború előtt Délről vásároltak. Az Unió jó vevője volt az Európából származó kézifegyvereknek és más iparcikkeknek is. A háború alatt azonban angol hajóépítők tucatnyi blokádfutót és hadihajót építettek a konföderációs haditengerészet számára.