Lincolnt különböző okok miatt választották jelöltnek az 1860-as választásokon. Ezen okok között szerepelt, hogy a rabszolgasággal kapcsolatos nézetei kevésbé voltak szélsőségesek, mint a többi jelöltnek szánt emberé. Lincoln az akkori nyugati államok egyikéből származott, és ott nagyobb esélye volt a választások megnyerésére. Más jelölteknek, akik idősebbek vagy tapasztaltabbak voltak nála, ellenségei voltak a párton belül. Lincoln családja szegény volt, ami hozzájárult ahhoz, hogy a republikánusok a rabszolgamunkával ellentétes, szabad munka mellett álltak ki. Lincoln 1860-ban megnyerte a választásokat, és ő lett az Egyesült Államok 16. elnöke. Délen szinte egyetlen szavazattal sem nyert. Először fordult elő, hogy egy elnök azért nyerte meg a választást, mert nagy támogatást kapott az északi államokból. Lincoln elnöksége alatt nagyméretű kályhás kalapja miatt vált ismertté. A magas kalapot arra használta, hogy papírokat és dokumentumokat tároljon benne, amikor utazott.
A polgárháború
Lincoln 1860-as megválasztása után hét állam (Dél-Karolina, Mississippi, Alabama, Florida, Georgia, Texas és Louisiana) megalakította az Amerikai Konföderációs Államokat. Amikor az Egyesült Államok megtagadta a dél-karolinai Charlestonban lévő Sumter-erőd átadását, a Konföderáció megtámadta az erődöt, és ezzel kezdetét vette az amerikai polgárháború. Később további négy állam (Arkansas, Virginia, Tennessee és Észak-Karolina) csatlakozott a Konföderációhoz, így összesen tizenegy. Egész elnöki időszaka alatt katonai erővel és sok véres csatával kellett újjáépítenie az Uniót. Meg kellett akadályoznia azt is, hogy a "határállamok", mint Kentucky, Missouri és Maryland, kilépjenek az Unióból és csatlakozzanak a Konföderációhoz.
Lincoln nem volt tábornok, és csak rövid ideig volt a hadseregben a Fekete Sólyom háború idején. A háborúban mégis jelentős szerepet vállalt, gyakran naphosszat a hadügyminisztériumban töltött. Az volt a terve, hogy hajókkal való bekerítésével elvágja a délieket, ellenőrzése alá vonja a Mississippi folyót, és elfoglalja Richmondot, a konföderáció fővárosát. Gyakran összeütközésbe került a tábornokokkal a terepen, különösen George B. McClellannel, és elbocsátotta azokat a tábornokokat, akik csatákat vesztettek vagy nem voltak elég agresszívak. Végül Ulysses S. Grantet tette meg a hadsereg legfőbb tábornokává.
Emancipációs kiáltvány
Az 1863. január 1-jén indult Emancipációs Kiáltvánnyal Lincoln elrendelte az amerikai polgárháború idején még lázadó államokban élő rabszolgák szabadságát. Valójában azonban nem szabadította fel azonnal az összes rabszolgát, mivel ezeket a területeket még mindig a Konföderáció lázadó államai ellenőrizték. Csak a már az uniós vonalak mögött lévő rabszolgák kis része szabadult fel azonnal. Ahogy az uniós hadsereg előrenyomult, majdnem mind a négymillió rabszolga ténylegesen felszabadult. Néhány korábbi rabszolga 1862 után csatlakozott az uniós hadsereghez. A proklamáció nem szabadította fel a rabszolgákat azokban a rabszolgaállamokban sem, amelyek hűek maradtak az Unióhoz (az USA szövetségi kormányához). Nem vonatkozott azokra a területekre sem, ahol az uniós erők már visszaszerezték az ellenőrzést, mint például Tennessee-ben. Az amerikai alkotmány 1865-ös tizenharmadik módosításáig csak az államoknak volt hatásköre arra, hogy saját határaikon belül megszüntessék a rabszolgaságot, ezért Lincoln a proklamációt háborús intézkedésként adta ki.
A proklamáció a rabszolgák felszabadítását az Unió háborús céljává tette, és véget vetett az európai nemzetek (különösen Nagy-Britannia és Franciaország) azon mozgalmainak, amelyek a Konföderációt független nemzetként ismerték volna el. Lincoln ezután alkotmánymódosítást szorgalmazott az összes rabszolga felszabadítása érdekében. A tizenharmadik kiegészítést, amely az Egyesült Államokban mindenütt törvénytelenné tette a rabszolgaságot, 1865 végén, nyolc hónappal Lincoln meggyilkolása után fogadták el.
Gettysburgi beszéd
Lincoln az 1863-as gettysburgi csata után híres beszédet mondott, a Gettysburgi beszédet. A csata nagyon fontos volt, és mindkét oldalon sok katona halt meg. A beszédet a halott katonák új temetőjében tartották. Ez az amerikai történelem egyik leghíresebb beszéde.
Második ciklus és merénylet
Lincolnt 1864-ben szűk szavazati aránnyal újraválasztották elnökké, és 1865. március 4-én újra beiktatták hivatalába. Nem sokkal később valószínűnek tűnt, hogy az Unió megnyeri a polgárháborút. Lincoln engedékeny feltételeket javasolt a lázadó államok önkormányzatának visszaállítására. 1865. április 9-én a Konföderáció vezető tábornoka, Robert E. Lee megadta magát. 1865. április 11-én Lincoln beszédet mondott, amelyben a fekete amerikai állampolgárok szavazati jogát szorgalmazta.
1865. április 14-én Lincoln aláírta a törvényt, amely létrehozta a titkosszolgálatot, az amerikai elnök biztonsági szolgálatát. Április 14-én este Lincoln feleségével, Mary Todddal egy színdarabot nézett meg a washingtoni Ford's Theaterben. Meghívta Ulysses S. Grantet, hogy vele és feleségével, Mary Todddal együtt vegyen részt a színdarabon, és Grant is el akart menni. Tábornokként Grant hozta volna a saját extra katonai biztonsági erőit, de nem ment el a színdarabra, mert felesége, Julia és Mary Todd nem jöttek ki jól egymással.
A darab harmadik felvonása alatt John Wilkes Booth, egy ismert színész és marylandi konföderációs kém, belépett az elnöki páholyba, és közvetlen közelről lelőtte Lincolnt, halálosan megsebesítve őt, majd azt kiáltotta: "Sic semper tyrannis" ("Így mindig a zsarnokoknak"). Az eszméletlen Lincolnt átvitték az utcán a Petersen-házba. Átlósan fektették az ágyra, mert magas testalkata nem fért volna el normálisan a kisebb ágyon. Kómában maradt kilenc órán át, mielőtt másnap reggel meghalt. Egyes beszámolók szerint a merényletet követő reggelen, az utolsó lélegzetvételekor szélesen elmosolyodott, majd meghalt. Lincoln volt az első amerikai elnök, akit meggyilkoltak.
Booth elmenekült, de április 26-án az elfogása során leadott lövésekbe belehalt.
