Ezredesi rang
A kongresszusban Sickles a déli demokratákhoz csatlakozott, és maga is rabszolgapárti demokrata volt. A háború kitörése után azonban Sickles hirtelen szövetségpárti lett. Márciusban ért véget utolsó kongresszusi ülésszaka, így Sickles a háború kitörésekor már New Yorkban volt, ahol ügyvédként praktizált. Az uniós hadseregbe való belépésének indítékairól szóló későbbi verziókban azt állította, hogy úgy gondolta, egy ezred felállításával szolgálhatja a legjobban az Uniót. A republikánus Lincoln elnöknek szüksége volt a demokraták támogatására, és nyilvánvalóan Sicklesben látta azt, akit felhasználhatott volna. Miután felállított egy ezredet, majd egy dandárt, amelyet Excelsior-dandárnak nevezett el, Sickles feltételezte, hogy dandártábornoki rangot kap (az ezredes egy ezredet, míg a dandártábornok egy dandárt irányított). Hivatalosan azonban az első ezred ezredese maradt, noha az egész dandárt irányította. Edwin D. Morgan New York-i kormányzó úgy döntött, hogy túl sok New York-i ezred van, és utasította Sickles-t, hogy oszlasson fel néhány ezredet. Ennek következtében Sickles nem kaphatott dandártábornoki kinevezést. A kormányzót megkerülve Sickles Washingtonba ment, hogy találkozzon Lincolnnal. Az elnök beleegyezett, hogy a feloszlatott ezredeket az Egyesült Államok önkénteseiként sorozzák be. Végül 1861. július 20-án parancsot kaptak, hogy jelentkezzenek a nyugat-virginiai Harpers Ferryben. Szeptemberben Sickles-t önkéntes dandártábornokká nevezték ki, de megerősítését az Egyesült Államok szenátusa több hónapig késleltette. Sickles dandárja 1861 nagy részét Maryland alsó részén töltötte. Sickles ez idő alatt gyakran meglátogatta Lincolnékat Washingtonban. 1862 márciusában parancsnokságát Joseph Hooker tábornok mellé csatolták a Potomac hadseregben. Ugyanebben a hónapban Sickles dandártábornoki kinevezését a szenátus elutasította. Az Excelsiors ebben a hónapban látta meg első harcát. Sickles személyesen vezetett egy felderítést. Április 6-án aztán Washingtonba utazott az Excelsiorsból, hogy tiltakozzon az ellen, hogy nem nevezték ki dandártábornokká. Míg egysége a félszigeti hadjáratban harcolt, Sickles Washingtonban maradt. Lincoln ismét tábornoknak jelölte, és 1862. május 3-án a szenátus megerősítette.
Dandártábornok
Május 24-én Sickles "dandártábornok" parancsot kapott, hogy jelentkezzen Hookernél. Hooker 2. dandárjának parancsnokságát kapta meg. Sickles első nagyobb ütközetét a Seven Pines-i csatában látta. Sickles legközelebb a hétnapos csatákban látott bevetést. Hooker előrenyomulása nem ment jól, részben azért, mert Sickles dandárja nehezen haladt át a mocsarakon, majd erős konföderációs ellenállásba ütközött. Amikor néhány embere megtört és hátramenekült, Sickles csak néhányat tudott rávenni a visszatérésre. Ennek ellenére Hooker jelentése megjegyezte, hogy Sickles bátran próbálta összeszedni az embereit. Nem maradt sokáig, és kihagyta a második bikafutásbeli csatát és az antietami csatát, mivel New Yorkban volt, hogy embereket toborozzon a dandárja számára. Amikor Ambrose Burnside George B. McClellant váltotta a Potomac hadsereg parancsnokaként, Hookert és Sickles-t is feljebb helyezték, hogy nagyobb egységeket vezényeljenek. Sicklesnek még mindig alig volt harctéri tapasztalata, most mégis Hooker régi második hadosztályát, a III. hadtestet vezette. Sickles azzal volt elfoglalva, hogy a New York-i újságok és a washingtoni bennfentesek harcedzett, harcedzett hadvezérként népszerűsítsék a róla kialakult képet.
1862 decemberében, a Fredericksburgi csatában Sickles dandárja a harmadik napig nem látott csatát. Ő és csapata végignézte, ahogy az uniós csapatok a hegyoldalban harcolnak Lee konföderációs katonái ellen. Délután 2 óra után Sickles-t végül a frontra vezényelték. Embereit vezetve úgy találták, hogy a csata az ő szakaszukban nagyrészt véget ért. Korlátozott mesterlövész-tűzzel és néhány csetepatéval szemben biztosították pozíciójukat, de egyébként nem láttak harcokat.
Tábornok őrnagy
Amikor Burnside-ot leváltották a Potomac hadsereg parancsnokaként, Hooker került a helyére. A váltásból eredő új megbízatások során - bár kevés harctéri tapasztalattal rendelkezett - Sickles kapta meg ideiglenesen a III. hadtest parancsnokságát. A szenátus azonban ismét nem erősítette meg tábornagyi előléptetését. Végül március 9-én (a rangját november 29-re visszavezetve) a szenátus megerősítette az előléptetését. Március végére Sickles hivatalosan is vezérőrnagy lett. A korábbi csatáktól eltérően a chancellorsville-i csatában Sickles látott akciót. Amikor Sickles megfigyelte Stonewall Jackson konföderációs tábornok oldalazó manőverét, parancs nélkül, hadtestének kétharmadával előre nyomult, hogy a konföderációsok után menjen. Ezáltal a tőle jobbra lévő XI. hadtest teljesen elszigetelve maradt. Jackson konföderációs katonái ekkor elsöprő támadást intéztek a XI. hadtest ellen. A konföderációs győzelemben nagy szerepet játszott, hogy Sickles elhagyta a kijelölt pozícióját. Ezzel kezdetét vette a Hooker és Sickles közötti viszály, amely a gettysburgi csatában is folytatódott. Hooker Sickles-t hibáztatta a chancellorsville-i vereségért.
Gettysburg
Június 27-én Hooker lemondott a Potomac hadsereg parancsnokságáról. A helyére javasolt hadtestparancsnokok közül a New York Herald tulajdonképpen Sickles-t javasolta, mint a legjobb parancsnokot a feladatra. Június 28-án, három nappal a gettysburgi csata előtt Lincoln George G. Meade tábornokot nevezte ki Hooker helyére. Július 1-jén az első nap konföderációs győzelemmel végződött. Meade azon dolgozott, hogy gyorsan a helyére állítsa erőit a másnapi csatára. Július 2-án kora reggel Meade üzenetet küldött Sicklesnek azzal az utasítással, hogy 12 000 fős hadtestét a Cemetery Ridge-en helyezze el. Külön utasítást kapott, hogy csatlakozzon Winfield Scott Hancock tábornok II. hadtestéhez a jobbján, és a balján lévő Little Round Topig terjessze ki a vonalát.
Sickles, akit nem nyűgözött le új parancsnoka és annak parancsai. Délelőtt 11 óra körül Meade főhadiszállására lovagolt, és megvárta Meade-et. A parancsnok azonban éppen elfoglalt volt. Sickles úgy érezte, semmibe veszik, ezért visszatért csapataihoz. Úgy döntött, hogy nem tetszenek neki a parancsai. Egy mérföldre előtte volt az Emmitsburg Road, amely magasabb fekvésű terület volt, mint amit neki kijelöltek. Az sem tetszett neki, hogy sziklák és fák voltak a sorai között. Sickles parancs nélkül, illetve a többi hadtestparancsnok tájékoztatása nélkül mintegy egy mérfölddel előrébb vitte a hadtestét. Ezzel Hancock bal szárnya teljesen nyitva maradt, és egy nagy törés keletkezett a vonalban, ahol a hadtestének kellett volna lennie. Az új pozíció, amelyet választott, szélesebb volt, mint az, amelyet elhagyott, és nem volt elég embere, hogy teljesen fedezze. Vonalának közepe egy salientet képezett (egy derékszöget a vonalban, amelyet két irányból lehetett támadni). Henry Hunt dandártábornok, a tüzérség vezetője Sickles-szel együtt megvizsgálta az új állást, és rámutatott a problémákra. Azt mondta, hogy vissza kell egyeztetnie Meade-del, hogy a Sicklesnek adott parancsot meg lehet-e változtatni. Sickles mégis megtette a lépést. Egy órán belül az egész III. hadtestét majdnem megsemmisítette James Longstreet konföderációs tábornok hadteste. Magát Sickles-t is megsebezte egy ágyúgolyó, amely összetörte a lábát. Levitték a pályáról, és néhány órával később amputálták a jobb lábát. Sérülése talán megmentette a parancsmegtagadásért járó hadbíróságtól, de tábori parancsnoki napjai véget értek.
