Az 1860-as elnökválasztást az Abraham Lincoln vezette Republikánus Párt nyerte meg. A délieket felháborította Lincoln megválasztása, aki ellenezte a rabszolgaságot a területeken és az új államokban. A választások után hét déli állam elszakadt, és kinyilvánította függetlenségét az Uniótól. Megalakították az Amerikai Konföderációs Államokat, még mielőtt Lincoln 1861. március 4-én elnökké vált volna. A leköszönő amerikai elnök, James Buchanan azt mondta, hogy ez törvényellenes, de nem tett semmit, hogy megállítsa őket. Lincoln és republikánus pártja ezt az elszakadást lázadásként kezelte.
A harcok akkor kezdődtek, amikor a konföderációsok bombázták Fort Sumtert, az uniós hadsereg erődjét. Lincoln 75 000 önkéntest hívott össze 90 napra. Emellett blokádot rendelt el a déli partok és kikötők ellen. Lincolnnak legfeljebb 40 használható hadihajója volt, és meg kellett kezdenie a haditengerészet kiépítését. Ezzel akarták megakadályozni, hogy a Dél exportálja a gyapotját és importálja a háborúhoz szükséges hadianyagokat. Északnak egy ágyúnaszád-flottát is ki kellett építenie egy "barnavízi haditengerészet" számára. Ennek célja az volt, hogy támogassa az Unió hadseregét a nagyobb folyók, például a Mississippi körüli hadműveletekben.
Norfolki hajógyár
1861-ben Virginia csatlakozott az Amerikai Konföderációs Államokhoz. Attól tartva, hogy a Konföderáció átveszi az irányítást a létesítmény felett, Charles Stewart McCauley, a hajógyár parancsnoka elrendelte a hajógyár felgyújtását. Abban az időben Gosport Navy Yardnak hívták. Annak ellenére, hogy a haditengerészeti miniszter ellentmondó parancsokat adott ki, számos tisztje lemondott, és a hajógyári munkások többsége távozott, a megmaradt emberei elkezdték a hajógyár pusztítását. Azokat a hajókat, amelyek nem tudtak maguktól elindulni, felgyújtották. Ezek közé tartozott a USS Merrimack nevű uniós hadihajó is. Végül azt a két embert, akik a szárazdokk felrobbantásához robbanóanyagot helyeztek el, elfogták, mielőtt befejezhették volna a munkájukat. A szövetségesek képesek voltak megjavítani Gosportot, és újra működő hajógyárrá tenni.
A hajógyár elfoglalásával óriási mennyiségű hadianyag került a konföderáció kezébe. Összesen 1195 nehézágyút vittek el és használtak fel a Konföderáció számára. Ezeket Hampton Roads-tól egészen a Tennessee állambeli Fort Donelsonig számos területen használták. Amikor elhagyták a hajógyárat, az uniós erők a Hampton Roads túloldalán lévő Fort Monroe-ba vonultak vissza. Ez volt az egyetlen olyan terület a térségben, amely az Unió ellenőrzése alatt maradt.
1862 elején a USS Merimack kiégett hajótestének felhasználásával újjáépítették a CSS Virginia nevű konföderációs vashajót. A hajógyár sietős elhagyása során a Merrimack csak a vízvonal felett pusztult el. A konföderációsok a kiégett hajótest fölé páncélozott felépítményt építettek. 1862 márciusában és áprilisában a konföderációs vashajó közel került ahhoz, hogy megingassa az uniós haditengerészet fölényét. Hampton Roadsnál a Virginia szinte tetszés szerint süllyeszteni kezdte a blokád alatt álló uniós hadihajókat. A flotta megmenekülését a USS Monitor nevű uniós vashajó érkezése jelentette, amely a Hampton Roads-i csatában megküzdött a Virginiával. Többórás harc után azonban egyik hajó sem tudta legyőzni a másikat. Mindkét hajó győzelemre hivatkozva hagyta el a csatát. A konföderációnak azonban nem sikerült áttörnie a blokádot. Amikor Norfolk 1862 májusában elesett, a CSS Virginia-t a legénysége megsemmisítette, nehogy elfogják. A konföderációs haditengerészetnek még két további vashajója volt építés alatt. Mielőtt azonban elkészültek volna, az uniós flotta elfoglalta New Orleans kikötőjét és városát, ahol építették őket.
Kereskedelmi rablók
A konföderációs haditengerészet felismerte, hogy az uniós haditengerészetnek több hajója, ágyúja és embere volt, mint nekik, korlátozott erőforrásaikból. Ez stratégiaváltást követelt. Először is erődöket építenének, hogy védjék a kulcsfontosságú folyókat és kikötőket. Ezt az erőfeszítést segítő ágyúnaszádokat építenének. Másodszor, a déliek hadihajóflottát állítottak fel, hogy a tengeren megtámadják az Unió kereskedelmi hajóit. Megbíztak magánhajósokat is, hogy segítsék ezt az erőfeszítést.
Ez nem volt új koncepció. Az amerikaiak már az amerikai függetlenségi háború idején is sikeresen alkalmazták a kereskedelmi portyázást a brit kereskedelmi hajók ellen. Az Unió haditengerészetének túlerővel szemben rájöttek, hogy könnyebb és gyorsabb cirkálók építésével megelőzhetik a nagyobb hadihajókat, és a lassabb és általában fegyvertelen kereskedelmi hajókra támadhatnak. Mivel a délieknek kevés hajóépítési kapacitásuk volt, ezeket a hajókat Nagy-Britanniában építtették. Ez technikailag illegális volt, mivel Nagy-Britannia semleges ország volt. Így ezeket a hajókat titokban kellett építeni.
A legsikeresebb és leghíresebb konföderációs kereskedelmi portyázók a következők voltak:
- A CSS Florida volt az első Angliában épített kereskedelmi portyázó. Orto néven indult Liverpoolból, és 1862. augusztus 17-én a Bahamákon CSS Florida néven állították hadrendbe. A hajó 37 kereskedelmi hajót foglalt el, és ezek közül kettőt átalakítottak kereskedelmi raiderré. Együttesen további 23 hajót foglaltak el. A brazíliai Bahia semleges kikötőjében a USS Wachusett hajó illegálisan elfogta.
- CSS Alabama, 22 hónap alatt 65 kereskedelmi hajót foglalt el. Ezek közül 52-t elégetett, 10-et eladott, egyet pedig egy másik kereskedelmi raiderré, a USS Tuscaloosa nevű hajóvá alakított át. Elsüllyesztett egy amerikai ágyúnaszádot is, a USS Hatterast, az egyetlen uniós hajót, amelyet a nyílt tengeren vesztett el egy konföderációs portyázó. A hajó a USS Kearsarge-ral vívott csatában süllyedt el a franciaországi Cherbourg kikötője előtt.
- CSS Jefferson Davis, az egyik legsikeresebb portyázó, amely két hónap alatt kilenc északi kereskedelmi hajót foglalt el. A hajó egy 187 tonnás, egykori rabszolgahajó volt. A Davis a floridai St. Augustine előtt egy viharban elsüllyedt a két zsákmányolt hajó kivételével az összes hajójával együtt.
- A CSS Sumter egy 1859-ben Philadelphiában épült gőzhajó volt. A konföderációs kormány 1861-ben New Orleansban vásárolta meg, és a Sumter nevet kapta. Hat hónap alatt 18 amerikai kereskedelmi hajót foglalt el. Ezek közül 8-at elégetett, 9-et pedig szabadon engedett vagy zálogba helyezett. Gibraltár kikötőjében amerikai hadihajók blokkolták. Ott tartózkodása alatt több amerikai hadihajó felváltva akadályozta meg, hogy elhagyja a kikötőt. A hajót 1862. december 19-én árverésen eladták, de továbbra is konföderációs blokádfutóként működött, Gibraltar névre átkeresztelve és brit zászló alatt. Számos amerikai hadihajó lekötötte a vadászatát és a kikötőben tartotta.
Privátok
A Konföderáció emellett hadüzenetet adott ki minden olyan magánhajóskapitánynak, aki az Egyesült Államok kereskedelmi hajóinak megtámadásából akart hasznot húzni. Eleinte a kockázat alacsony volt, és a kalózokhoz hasonlóan megtartották a hajót és rakományát. A tulajdonos és a legénység felosztotta a nagy nyereséget. Elkerülték az uniós hadihajókkal való csatározást, és általában elég gyorsak voltak ahhoz, hogy lehagyják őket.
Egyetlen probléma volt a rendszerrel. Az 1865-ben aláírt, a tengerjogról szóló Párizsi Nyilatkozatban betiltották a magánhalászatot. Minden kalóz kalóznak minősült, és elfogásuk esetén halálbüntetés járt érte. Bár az Egyesült Államok nem írta alá a megállapodást, Lincoln elnök kijelentette, hogy a konföderációs kalózok kalózok, és a kalózok halálbüntetéssel sújtandók. Ez nem akadályozott meg számos vállalkozó kedvű déli embert abban, hogy felszereljen egy hajót, és részt vegyen a nyílt tengeri kalózkodásban. Az első lefoglalt hajók egyike valójában a délieknek ártott. Egy gyümölcsszállítmányt szállítottak New Orleans kikötőjébe.
Hamarosan az illegális magánhajósok teherhajókat raboltak el a Mexikói-öbölben és az Egyesült Államok keleti partvidékén. Az Unió korai győzelme volt a CSS Savannah elfogása, amely mindössze két napja volt a tengeren. A legénység hamarosan bíróság elé került kalózkodásért. A Konföderáció azzal fenyegetőzött, hogy az elfogott északi tengerészeket felakasztják, ha a legénységet kivégzik. Végül az uniós bíróság ejtette a kalózkodás vádját, és a legénységet hadifogolyként tartotta fogva. A legénységet később egy fogolycsere során elcserélték.
Torpedószolgálat
A modern torpedó egy szivar alakú, önjáró, víz alatti robbanószerkezet, amelyet egy másik hajó vagy tengeralattjáró megsemmisítésére terveztek. A polgárháború idején az akkoriban torpedónak nevezett eszközt leginkább tengeri aknának lehetne nevezni, Davis konföderációs elnök ellenezte a használatát. Úgy vélte, hogy gyáva fegyverek, és etikátlan volt használni őket bárki ellen. Davis tiltakozása ellenére a Konföderációs Államok Kongresszusa törvényt fogadott el, amely jutalmat engedélyezett mindazoknak, akik új módszereket találnak fel az ellenséges hajók felrobbantására, merülők és aknák segítségével.
A Missouri állambeli St. Louisban a Mississippi és Missouri folyókon közlekedő uniós gőzhajók kazánjainak fűtésére használt tűzifában konföderációs katonák robbanóanyagot rejtettek el. 1861-ben Matthew Fontaine Maury először használt aknákat fegyverként az ellenséges hajók ellen. Virginiában az ő "pokolgépei" szinte teljesen járhatatlanná tették a James folyót.
Egy másik találmánya a széntorpedó volt. Egy széndarabnak álcázott széndarabnak álcázva felrobbant, amikor belelapátolták egy kazánba. Egy másik találmányt "óratorpedónak" neveztek. Ez egy időzítővel rendelkezett, amely lehetővé tette a robbanás késleltetését. Jobb gyújtózsinórokat és erősebb robbanóanyagokat is kifejlesztettek.
Víz alatti aknákat mindkét fél használt. A Konföderációnak több sikere volt. 1862-ben a konföderációs aknák elsüllyesztették az uniós vasbárkányt, a USS Cairo-t. Az aknák több tucatnyi további uniós hajót semmisítettek meg vagy rongáltak meg, míg az uniós torpedóaknák csak körülbelül hat konföderációs hadihajót süllyesztettek el.
