Ellenségeskedés Margit és a yorki herceg között
Miután visszavonult Londonból, hogy Greenwichben éljen pazarul, Margit kisfia gondozásával volt elfoglalva, és nem mutatta a politikai akarat jeleit egészen addig, amíg úgy nem hitte, hogy férjét leváltás fenyegeti az ambiciózus Yorki Richárd, York 3. hercege miatt, akit - Margit megdöbbenésére - 1453 és 1454 között lordprotektornak neveztek ki, amíg Henrik szellemi fogyatékos volt. A herceg hiteles igényt támasztott az angol trónra, és protektorátusának végére számos befolyásos nemes és rokon volt hajlandó támogatni igényét. A York herceg hatalmas volt; Henrik tanácsadói korruptak; maga Henrik bizalomgerjesztő, hajlékony és egyre instabilabb; Margit dacosan népszerűtlen, zord és gálánsan eltökélte, hogy utódai számára fenntartja az angol koronát. Ám legalább egy tudós a Lancastriánok végső bukásának forrását nem is annyira York ambícióiban, mint inkább Margit York iránti meggondolatlan ellenségeskedésében és a népszerűtlen szövetségesek túlzott elnézésében látja. Mindazonáltal Margit királynő hatalmas erő volt a politika világában. Henrik király gyurma volt a kezében, ha valamit el akart érni.
Margit életrajzírója, Helen Maurer azonban nem ért egyet a korábbi történészekkel, akik a királynő és York közötti sokat emlegetett ellenségeskedést arra az időre datálták, amikor York megkapta a protektorátusi tisztséget. Szerinte a kölcsönös ellentét két évvel később, 1455-ben, az első St Albans-i csata nyomán alakult ki, amikor Margit a király tekintélyének kihívójaként érzékelte őt. Maurer ezt a következtetést Margit ajándékozási szokásainak körültekintő tanulmányozására alapozza; ebből kiderült, hogy Margit nagy gondot fordított arra, hogy az 1450-es évek elején bizonyítsa, hogy egyformán kedvez mind Yorknak, mind Edmund Beaufortnak (Somerset). Maurer azt is állítja, hogy Margit láthatóan elfogadta York protektorátusát, és azt állítja, hogy nincsenek érdemi bizonyítékok, amelyek alátámasztanák azt a régóta fennálló vélekedést, hogy ő volt a felelős azért, hogy a yorkiakat Henrik felépülése után kizárták a Nagytanácsból (lásd alább).
A néhai történész, Paul Murray Kendall ezzel szemben azt állította, hogy Margit szövetségesei, Edmund Beaufort (Somerset) és William de la Pole, Suffolk akkori grófja, nem volt nehéz meggyőzni őt arról, hogy York, aki addig VI. Henrik egyik legmegbízhatóbb tanácsadója volt, felelős a népszerűtlenségéért, és már túl erős ahhoz, hogy megbízzon benne. Margit nemcsak arról győzte meg Henriket, hogy hívja vissza Yorkot franciaországi helytartói posztjáról, és helyette száműzze Írországba, hanem többször megkísérelte meggyilkolni őt írországi és írországi útjai során, egyszer 1449-ben, majd 1450-ben. Edmund Beaufort (Somerset) és Suffolk közös felelőssége Maine 1448-as titkos átadásáért, majd Normandia többi részének 1449-es katasztrofális elvesztéséért Margit és Henrik udvarát lázadásokba, mágnásfelkelésekbe, valamint Margit két legerősebb szövetségesének felelősségre vonását és kivégzését követelő felhívásokba keverte. Ez elkerülhetetlenné tehette a Margit és a York-ház közötti végső, élethalálharcot is, mivel nyilvánvalóvá tette Richárd veszélyes népszerűségét a Commons körében. Az Írországból 1450-ben biztonságban hazatért Yorki Richárd szembeszállt Henrikkel, és újra megbízható tanácsadóként fogadta be. Nem sokkal ezután Henrik beleegyezett, hogy összehívja a parlamentet, hogy foglalkozzon a reformok követelésével. Amikor a parlament összeült, a követelések nem is lehettek volna kevésbé elfogadhatóak Margit számára: nemcsak Edmund Beaufortot (Somerset) és Suffolkot vádolták meg mindkettőt a francia ügyek bűnösen rossz kezelése és az igazságszolgáltatás felforgatása miatt, hanem Suffolk (immár herceg) ellen bűnként rótták fel, hogy a királlyal szemben a York herceggel szembeszállt. Továbbá a reformok érdekében előterjesztett követelések között szerepelt, hogy a York hercegét ismerjék el a király első számú tanácsosának, és az alsóház elnöke - talán több buzgalommal, mint bölcsességgel - még azt is javasolta, hogy Richardot, York hercegét ismerjék el trónörökösnek. Néhány hónapon belül azonban Margit visszanyerte Henrik irányítását, a parlamentet feloszlatták, az óvatlan házelnököt börtönbe vetették, Yorki Richárd pedig egyelőre Walesbe vonult vissza.
1457-ben a királyság ismét felháborodott, amikor kiderült, hogy Pierre de Brézé, egy nagyhatalmú francia hadvezér és Margit híve partra szállt az angol partokon, és felgyújtotta Sandwich városát. Egy 4000 fős francia haderő vezetőjeként Honfleurből kiindulva igyekezett kihasználni az Angliában uralkodó káoszt. A polgármestert, John Drury-t megölték ebben a támadásban. Ezt követően az a hagyomány alakult ki, amely a mai napig fennmaradt, hogy Sandwich polgármestere fekete palástot visel e gyalázatos tett gyászára. Margit, de Brézével karöltve, trágár pletykák és közönséges balladák tárgyává vált. A közfelháborodás olyan nagy volt, hogy Margit nagy vonakodással arra kényszerült, hogy a York herceg rokonának, Richard Neville-nek, Warwick 16. grófjának adjon megbízást a tenger őrzésére három évre. Ő már betöltötte a calais-i kapitányi posztot.
A Lancastrian frakció vezetője
A rivális yorkista és lankasztriai frakciók közötti ellenségeskedés hamarosan fegyveres konfliktusba torkollott. 1455 májusában, alig több mint öt hónappal azután, hogy VI. Henrik felépült elmebetegségéből, és Yorki Richárd protektorátusa véget ért, Margit összehívta a Nagy Tanácsot, amelyből a Yorkistákat kizárták. A tanács összehívta a nemeseket Leicesterbe, hogy megvédjék a királyt "ellenségeivel szemben". York nyilvánvalóan felkészült a konfliktusra, és hamarosan dél felé vonult, hogy találkozzon az észak felé vonuló lankasztikus sereggel. A lankasztriánusok megsemmisítő vereséget szenvedtek az 1455. május 22-i első St Albans-i csatában. Edmund Beaufort (Somerset), Northumberland grófja és Lord Clifford meghalt, Wiltshire elmenekült a csatatérről, Henrik királyt pedig a győztes York herceg foglyul ejtette. 1458 márciusában férjével és a hadviselő felek vezető nemeseivel együtt részt vett a londoni The Love Day felvonuláson.
1459-ben az ellenségeskedés a Blore Heath-i csatában folytatódott, ahol James Tuchet, 5. Audley báró vereséget szenvedett a Richard Neville, Salisbury 5. grófja vezette yorkista seregtől.
