A molekuláris biológiában a komplementaritás a nukleinsavak, például a DNS és az RNS tulajdonsága: azt jelenti, hogy a nukleinsavak láncaiban található egységek, a nukleotidnak minden egyes része egy jellegzetes nitrogén bázisa, és ezek a nitrogénbázisok párosodhatnak egymással nem kovalens kölcsönhatások révén. A kötést általában bázispárok közben létrejövő hidrogénkötések biztosítják: ez a kapcsolat elég erős ahhoz, hogy stabil kettős hélixet hozzon létre, de elég gyenge is ahhoz, hogy a szálak elkülönülhessenek például replikáció vagy transzkripció során.

Mivel a DNS-ben és az RNS-ben található bázisokhoz általában csak egy jól illeszkedő komplementer bázis kapcsolódik, az enzimek képesek egy meglévő szálból a komplementer szálat létrehozni. Ez a feltétel alapvető a DNS-replikációhoz, és a komplementaritás biztosítja az örökítőanyag pontos másolását és az információ átírását RNS-re.

Az alapvető, klasszikus bázispárok és néhány fontos jellemzőjük:

  • A és T — (adenin és timin) a DNS-ben két hidrogénkötéssel kapcsolódnak egymáshoz.
  • C és G — (citozin és guanin) három hidrogénkötéssel kapcsolódnak, ezért a G–C párok stabilabbak és magasabb olvadáspontot eredményeznek.
  • Az RNS-ben az adenin (A) a timin helyett az uracilnel (U) párosodik: A–U (két hidrogénkötéssel).

A komplementaritásnak további fontos következményei és alkalmazásai:

  • Antiparallel irányok: a DNS kettős szála antiparallel: az egyik szál 5'→3' irányú, a komplementer szál 3'→5' irányú. A komplementer bázisok párosodása ezen orientáció figyelembevételével értelmezendő.
  • Replikáció és transzkripció: a komplementaritás biztosítja, hogy a DNS-polimerázok és a transzkriptázok pontosan másolják az információt, mert minden bázishoz csak a megfelelő pár illeszkedik.
  • Hőstabilitás és GC-tartalom: a magas G–C arány növeli a kettős szál olvadáspontját (Tm), ami fontos a PCR-tervezésnél és hibridizációs módszereknél.
  • Diagnosztika és molekuláris technikák: a komplementaritás alapja a nukleinsav-hibridizációnak, alapvető például a PCR, DNS-szekvenálás, és molekuláris próba alapú tesztek működéséhez.
  • Hibák és flexibilitás: a bázispárok néha illeszkedési hibákat (mismatch) vagy a tRNS anticodonjainál ún. "wobble" helyzeteket engednek meg; ezek szerepet játszanak a mutációk kialakulásában és a genetikai kód flexibilitásában.
  • RNS másodlagos szerkezete: az intramolekuláris komplementaritás RNS-ben szárakat (stems) és hurkokat (loops) alakít ki, ami befolyásolja az RNS funkcióját (pl. ribozimek, miRNS célfelismerés).

Példa: egy rövid DNS-szekvencia és annak komplementer lánca:

eredeti (például 5'→3'): A G T C A T G

komplementer (a páros bázisok szerint, 3'→5'): T C A G T A C

Ha a komplementer szálat is 5'→3' irányban írjuk, akkor fordítva olvasva: 5'→3' C A T G A C T.

Összefoglalva: a komplementaritás a nukleinsavak pontos működésének alapja — biztosítja az információ hű átörökítését, az RNS működését és számos laboratóriumi és diagnosztikai módszer alapelvét. A bázispárokra és azok hidrogénkötéseire vonatkozó szabályok ismerete alapvető a molekuláris biológiai kísérletek tervezéséhez és értelmezéséhez.