A Bionicle 2001-2008-as történetszála egy olyan tudományos fantasy világban játszódott, amelyet túlnyomórészt félig szerves, félig gépi lények laknak egy földalatti világban, amely hatalmas kupolákban létezik a föld alatt. Ezt a világot (amelyet "Matoran Univerzumnak" neveztek el) és a benne élő fajokat egykor egy Mata Nui nevű Nagy Szellem védte, amíg a gonosz Makuta Teridax és a Makuta Testvériség örök álomba nem taszította. A Matoranok világa kezdett szétesni. De a Mata Nuiban tárolt élet maszkját kiküldték az űrbe, hogy új bolygót találjanak. A maszk a Bara Magna bolygón landolt, és a maszk egy kis testet hozott létre.
2009-ben egy teljesen új történetszál kezdődött, amely az előző éveket maga mögött hagyva újabb lehetőségek felé kalandozott, amikor Mata Nui, miután Makuta Teridax száműzte, egy titokzatos, kopár bolygón, a Bara Magna nevű bolygón landol. Itt ő kerül a történet középpontjába, és új szövetségesekre tesz szert, miközben megpróbálja megtalálni a módját, hogy megmentse a Matoranokat és a Toákat Makuta Teridax zsarnoki uralmától.
2001 - A maszkok keresése
A történet hat Toa Matával kezdődik: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu és Onua, akik egy Mata Nui szigetének nevezett szigetre érkeznek, és a nevükön kívül semmire sem emlékeznek. Felfedezték, hogy a lakosok, a Matoran falusiak állandó támadásokkal néznek szembe a fertőzött Rahi-k, vadállatok ellen, akiket Makuta Teridax hatalmas befolyása irányít a Fertőzött Kanohi maszkok segítségével, és ez mintegy 1000 évig tartó háborút okozott. Miután számos Kanohi-maszkot kerestek és találtak, a Toák mindegyike kap egy-egy hatalmas hatalommal bíró arany Kanohi-maszkot, és magát Makutát keresik fel. Miután kihívták a kegyetlen Manas rákokat és az Árnyék Toa-t (gonosz hasonmások, mint a Toa illuzórikus másolatai ), a Toa szembeszáll Makutával és legyőzik őt, egyesítve elemi erejüket.
2002 - A Bohrok-rajok
Vereségét követően Makuta szabadon engedte az ősi Bohrokot. A Bohrok robotdrónok, amelyeket arra terveztek, hogy "megtisztítsák" Mata Nui szigetét az "előtti idők" állapotába. A Bohrok elkezdték szétzúzni a sziget falvait, menekülésre kényszerítve a Matoranokat. A Föld egyik leleményes Matoranja, Nuparu, megépíti a Boxor nevű erős járművet, amely egy sérült Bohrok alkatrészeiből készült, hogy felvegye a harcot a rajok ellen. A Toa, aki nem tudott a Bohrok céljáról, összegyűjtötte a Bohrok Kranáit (maszkszerű lények, amelyek az agyukként működnek), hogy szembeszálljanak a Bohrok királynőivel, a Bahragokkal: Cahdok és Gahdok. A legyőzött Cahdokot és Gahdokot a Toa elemi ereje által létrehozott börtönbe zárták. A Toa Mata ezután egy Energized Protodermis nevű anyagnak van kitéve, amely átalakítja őket, új páncélzatot és fegyvereket adva nekik. Átnevezték magukat "Toa Nuva"-nak.
2003 - A Bohrok-Kal sztrájk és a Fény maszkja
A Cahdok és a Gahdok legyőzésével a Bohrok rajok megálltak, és visszatértek a kaptárjaikba. Megjelent azonban hat új elit Bohrok, a Bohrok-Kal, azzal a céllal, hogy kiszabadítsák a Bahragot. Ezután folytatták, hogy ellopják a Toa Nuva erejét, ami a pecsét feltörésének kulcsa. A vereség küszöbén a Toa minden erejüket a Bohrok-Kalba kényszerítik, túlterhelve és legyőzve őket.
Nem sokkal később két Matoran, Takua és Jaller felfedezte a Fény Kanohi maszkját. Feladatul kapták, hogy beutazzák Mata Nui szigetét, hogy megtalálják a Fény Toa-ját. Eközben Makuta hat Rahkshi nevű lényt teremtett és küldött ki, hogy megtalálják a maszkot és megállítsák a Fény Toa-jának eljövetelét. A Rahkshi-k végigtomboltak Mata Nuin, elpusztítva Ta-Koro és Onu-Koro falvait. A Rahkshi-kat a Toa megállította, de csak azután, hogy megölték Jallert. Jaller halála miatt Takua rájött, hogy ő a Fény Toa-ja, és felvette a maszkot, hogy Toa Takanuva legyen. Takanuva elment, hogy szembeszálljon Makutával, és a harcuk során mindketten beleestek az energizált protodermisz - egy ezüstös anyag, amelynek ereje képes megváltoztatni vagy elpusztítani egy lényt - pocsolyájába, és összeolvadtak Takutanuva lényévé. Takutanuva ezután kinyitotta Metru Nui városának ajtaját, és átengedte a Matoranokat és a Toákat. Életenergiája egy részét felhasználva, felélesztette Jallert, miközben még mindig nyitva tartotta az ajtót. Azonban az energia felhasználása túl nagy volt, és Takutanuvát összezúzta az ajtó, úgy tűnt, hogy Takanuva és Teridax is meghalt, és csak Takanuva Fénymaszkja maradt. Takanuva azonnal újraéledt, amikor a maszkját arra használták, hogy aktiválják a Metru Nuiba vezető jeladót. Ezután a Matoran felkészült, hogy visszatérjen Metru Nui szigetvárosába.
2004 - A Metru Nui legendái
Amikor a Matoranok felkészültek a Metru Nui-ra való utazásra, a Turaga (a falu vénei) felfedték, hogy egykor ők is Toa-k voltak, és Metru Nuiban harcoltak olyan fenyegetések ellen, mint a Morbuzakh növénylény és a Dume által irányított Vahki-különítmény. Őket, mint Matoranokat, a Toa Lhikan által feláldozott, erőt tartalmazó Toa kövek változtatták át Toa Metruvá. Küldetésük az volt, hogy megtalálják a hat Nagy Korongot, és legyőzzék a Morbuzakhot, a város elpusztításával fenyegető növényi veszedelmet. Amikor azonban sikerült, elárulta őket Dume, a város Turagája. Később rájöttek, hogy Makuta Teridax Dume álruháját vette fel, és átvette az irányítást a Vahki (rendfenntartó robotok) felett. Az volt a terve, hogy elaltatja a Matoranokat, kitörli az emlékeiket, és "hódítóként" ébreszti fel őket újra. A Toa elmenekült, de Teridax megtámadta őket. Elemi erejüket egyesítve képesek voltak Teridaxot egy kristályosodott protodermiszből álló börtönbe zárni. A Toa egy új szigetre utazott, amely később Mata Nui néven vált ismertté, és megfogadták, hogy visszatérnek, hogy megmentsék a Matoranokat.
2005 - Az árnyak hálója
Visszatérnek. A szigeten azonban a gonosz Sidorak király és alkirálya, Roodaka uralkodik, és gonosz pókszerű lények, a Visorak. A Toákat hamarosan elfogták és bestiális Toa Hordikává mutálódtak. Hogy visszaváltozzanak, a Toa felkereste a legendás Rahi Keetongut. Toa Vakama azonban elárulta a többi Toát, és csatlakozott Sidorakhoz, aki őt tette meg a Visorak vezetőjévé. A többi Toa nagy csatában szállt szembe a Visorak hordával, és meggyőzték Vakamát, hogy csatlakozzon hozzájuk. Vakama ezután elrendelte a Visorak felszabadítását. Keetongu ezután megölte Sidorakot, akit Roodaka és Vakama elárult. A hat Toa ezután mind a hat elemi erejükkel legyőzte Roodakát. Ennek azonban az volt a mellékhatása, hogy Makuta kiszabadult, mert Roodaka magával vitte a börtönének egy darabkáját. A Toa emiatt lesújtott rá. Miután Keetongu helyreállította őket, a Toa Metru egy új szigetre vitte a Matoranokat. Amikor feláldozták erejüket a Matoranok felébresztéséért, Turagává váltak, és később új falvakat alapítottak ezen a Mata Nui nevű szigeten.
2006 - A végzet szigete
A Toa Nuva megtudta, hogy Mata Nui nemcsak alszik, hanem haldoklik. Hogy megmentsék, Voya Nui szigetére kell utazniuk, és meg kell keresniük a titokzatos Kanohi Ignikát, az Élet Maszkját. A Toa Nuva elindul erre a kalandra, de hamarosan hat új és hatalmas ellenség, a Piraka foglyul ejti őket: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak és Avak. Ők a maszkot saját sötét céljaik érdekében keresték. Amikor a Toa nem tért vissza, egy hat Matoranból álló csoport követte őket. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu és Matoro a Toa-kannákban a szigetre menekültek, de útközben a Vörös Csillagból érkező fénycsóvák Toa Inikává változtatták őket. Megérkezésük után megtudják, hogy a Piraka hogyan rabszolgasorba taszította a helyi Matoranokat, hamis Toának adva ki magukat, hogy a Matoranok erődöt építsenek nekik. Egy kis Matoran ellenállás és az ősi őrző, Axonn segítségével a Toa Inika képes volt kiszabadítani a Toa Nuva-t, megtalálni a maszk templomát, és megküzdeni a Piraka-val, valamint az azt őrző más lényekkel. Végül győztesen kerültek ki a Kanohival együtt. Az Élet Maszkja azonban saját akarattal rendelkezett, és az utolsó pillanatban mindannyiuk elől kitért, és a tenger mélyére sietett.
2007 - A sötétség tengere
Az Élet Maszkja utáni hajszát követően a Toa Inika leereszkedett a vízbe, miután megkapta a titokzatos nyomot "mentsd meg az elsüllyedt várost" egy ismeretlen Matorantól, aki megmentette Hahlit a vízbe fulladástól, aminek az volt az ára, hogy a dekompressziós betegségben meghalt.[14] Az Élet Maszkjából származó energiakitörés a Toa Inikát vízlégző formává változtatta. Felfedezték Mahri Nui lakott faluját, amely ezer évvel ezelőtt szakadt le a Voya Nuiról és süllyedt el. A falut a Barraki néven ismert ősi hadurak fenyegették, akiket a közeli "Gödör" nevű mutagén vizek mutáltak. A Toa, akit most Toa Mahri néven ismertek, szembeszállt a Barrakival a túlélésért. Azonban mire a Toa visszaszerezte a maszkot, a Nagy Szellem meghalt. Felismerve, hogy még van remény, Toa Matoro az univerzum magjába sietett, és feláldozta az életét, hogy újraéleszthesse Mata Nuit. Élete utolsó pillanataiban Toa Matoro a maszk erejét arra használta, hogy a Toa Mahri-t visszateleportálja a Metru Nui-ra, és lehetővé tegye számukra, hogy újra levegőt lélegezhessenek. A Nagy Szellem életét megmentették, de még mindig fel kellett ébreszteni.
2008 - A végső csata
Miután Artakha új páncélt és fegyvereket adott nekik, a Toa Nuva megérkezett Karda Nuiba, az univerzum magjába. Ott szembekerültek a Makutákkal, akik megpróbálták az Av-Matoran - a Fény Matoranjai - lakosságát Árny-Matoranokká változtatni. A Toa Nuva-t Takanuva érkezése segítette, aki most már képes irányítani a Fényt és az Árnyékot egy árnyék pióca támadás miatt, és Toa Ignika, aki maga az Élet Maszkja. A Kanohi Ignika azért készített magának egy testet, mert látni akarta, milyen érzés élőlénynek lenni. Egyesített erejükkel eljutottak a Karda Nui közepén lévő Codrex nevű építményhez, ahol Toa Ignikának fel kellett áldoznia új testét, hogy felébressze Mata Nuit. Takanuva a megmaradt, meg nem romlott Av-Matoranok segítségével visszahelyezte az Árny-Matoranokat korábbi állapotukba. Nem sokkal később a Toák elmenekültek a magból, mielőtt a Mata Nui ébredése által okozott energiavihar elpusztíthatta volna őket. A Makutáknak azonban nem sikerült elmenekülniük, és mindannyian meghaltak. Visszatérve Metru Nuiba, Mata Nui ébredését ünnepelték, de az ünneplés félbeszakadt, amikor kiderült, hogy Teridax átvette Mata Nui testét, amelyről kiderült, hogy a Matoranok univerzuma. Mata Nui szellemét az Élet Maszkjába zárva az űrbe repítette, hogy az egykori Nagy Szellem ne tudjon beavatkozni az univerzum feletti uralmába.
2009 - A legenda újjászületett
A Bionicle története azután folytatódik, hogy Makuta Teridax száműzte Mata Nuit a testéből, egy Bara Magna nevű bolygóra. Néhány vadon élő állatfaj kivételével Bara Magna egy kopár sivatagi bolygó, amely csak kevés erőforrást tart el, ezért a bolygón minden törzsnek van néhány harcosa, úgynevezett Glatorian, akik harcolnak értük. Ezeket az erőforrásokat, mint például az élelmet és a vizet, ennek megfelelően osztják el. E világ falusi lakói agoriként ismertek. Az agorik együttesen hat különböző törzset alkotnak, amelyek mindegyike egy-egy régióhoz tartozik. Miután az Élet Maszkja leszáll Bara Magnán, létrehoz egy testet, amelyet Mata Nui használhat. Mata Nui ezután összeáll néhány glatorival, hogy legyőzzék a Skrall és a Csontvadászok egyesített erőit, a falvak két fő fenyegetését, és keressék a módját, hogy visszatérhessen a testébe. Új glatoriai és agori barátai segítségével leleplezi a Metus nevű árulót, és legyőzi a Skrall és a Csontvadászokat. Segít a világ falvainak egyesülni, az összes óriási robotdarabot magához veszi, és egy nagy robottest prototípusba kapcsolja őket, egy olyan testbe, mint amilyenben a Matoran Univerzum lakozik.
2010 - Az utazás vége
Miután legyőzte a Skrallt és látta, hogy a többi falu egyesül, Mata Nui szembeszáll a kihívással, hogy visszavegye régi testét Teridaxtól. Megtudja, hogy őt a Nagy Lények teremtették a Spherus Magna bolygón, amely a Magháború eredményeként egy dzsungelholdra (Bota Magna), egy óceánholdra (Aqua Magna) és a megmaradt sivatagi bolygóra (Bara Magna) oszlott. Mata Nui azt is megtudja, hogy mielőtt megépült volna, volt egy korábbi robot, amelyet az Agoriak otthonuknak használnak. Egy Tarduk nevű tesarai agori segít Mata Nuinak azzal, hogy megmutat neki egy ősi energiaforrást, amely képes volt feltölteni a régi robotot.
Ezen az utolsó utazáson két hős tér vissza, hogy befejezze a harcot: Tahu, aki visszatért eredeti formájába, hogy viselje a hatalmas Aranypáncélt, és Takanuva. Segítségükre van Gresh. Megküzdenek a Skakdi hadúrral, Nektannal, hogy legyőzzék Makutát és seregét; a hőlátással felfegyverzett Rahkshi hordákkal; és a Skrallal.
A történet folytatódik, ahogy a Matoran Univerzum és a Glatorian erői szembeszállnak a Skakdi, Rahkshi és Skrall közelgő támadásával. A Makuta robbanása által szétszóródott arany páncélt Tahu, Gresh és Takanuva gyűjti össze a sok ellenségtől. Tahu legyőzi a Skakdi hadvezért, Nektannt, majd felveszi a páncélt, amely elhamvaszt minden Rahkshi Kraatát Bara Magnán.
Teridax azt állítja, hogy gravitációs energiával fogja elpusztítani a Bara Magnát, amíg Mata Nui felfelé nem kényszeríti a karját, aminek következtében Teridax az energiahullámot a fenti holdakra küldi. Mata Nui visszalöki Teridaxot az egyik rohanó holdba, a Bota Magna zöld holdjába, amelynek becsapódása elpusztítja a központi processzorát, ami megöli Teridaxot. Mata Nui ezután lélekben a testvérét gyászolja, akit megkaphatott volna.
A finálé akkor ér véget, amikor Mata Nui az erejét és az Élet Maszkjának hatalmát arra használja, hogy újra összehozza a Spherus Magnát, hogy meggyógyítsa azokat, akiket a Pit Mutagen mutált, hogy visszahozza az életet a bolygóra, és hogy helyreállítsa az elpusztult földrajzi jellemzőket. A megterhelés hatására az energiamagja szétfoszlik, és a robot prototípusa megsemmisül. Amikor a Glatorian és a Toa sértetlenül felfedezik az Ignikát azon a helyen, ahol Mata Nui volt, Mata Nui beszél hozzájuk az Élet Maszkjából. Azt mondja nekik, hogy a jövő az övék, és az ő dolguk, hogy felépítsék. Ezután az Ignikában szunnyad. Az Agori, a Matoran, a Toa, a Glatorian és mindenki más új életet kezd a Spherus Magnán.
A Bionicle jövője
A Bionicle játékcsalád 2009 végén ért véget, miután a 2010-es készleteket véglegesítették, és 2010 nyarán a Hero Factory, a Bionicle készletekkel kompatibilis Lego téma váltotta fel. De ennek ellenére a történet folytatódik a Greg Farshtey által írt sorozatokban online a BIONICLEstory.com oldalon.
